Zaměstnanci Ústavu farmakologie a farmacie zajišťují výuku předmětu Farmakologie a farmacie v magisterském studijním programu v rámci základního sylabu výuky pro II. a III. ročník FVL a FVHE. Výuka probíhá v zimním a letním semestru, je zakončena zkouškou. Dále Ústav farmakologie a farmacie zajišťuje výuku předmětu Farmakologie a farmacie v anglickém jazyce pro zahraniční studenty II. a III. ročníku FVL a FVHE. Jedná se o anglický studijní program, výuka probíhá v zimním a letním semestru a je zakončena zkouškou. Pro zimní semestr mají studetni možnost zápisu povině volitelného předmětu Vývoj, výroba a kontrola léčiv. Předmět je zakončen zkouškou. Ústavu farmakologie a farmacie byla udělena akreditace pro výuku doktorského studijního programu (DSP).
