Zakladatelem a prvním rektorem vysoké školy byl prof. MUDr. et MVDr. h.c. Eduard Babák. Vlastní výuka byla zahájena 17. listopadu 1919. Z počátku se univerzita vyvíjela jako monofakultní vysoká škola zaměřená na veterinární lékařství (zvěrolékařství). V roce 1975 byly na vysoké škole zřízeny dva obory, a to obor všeobecné veterinární lékařství (později přejmenovaný na veterinární lékařství) a obor veterinární lékařství – hygiena potravin (později přejmenovaný na veterinární hygiena a ekologie). V roce 1990 vznikly na vysoké škole dvě fakulty - Fakulta všeobecného veterinárního lékařství (dnešní Fakulta veterinárního lékařství) zaměřená na veterinární lékařství a Fakulta veterinární hygieny a ekologie zaměřená na veterinární hygienu. V roce 1991 vznikla třetí fakulta – Fakulta farmaceutická, zaměřená na farmacii. Od roku 1994 se vysoká škola nazývá Veterinární a farmaceutická univerzita Brno.
