Cílem základního výzkumu jsou tradičně vybraní původci bakteriálních a virových infekcí zvířat. V bakteriologii se pozornost soustřeďuje na studium vlastností zahrnujících faktory virulence, molekulární epidemiologické markery a antibiotickou rezistenci vybraných druhů bakterií (Escherichia coli, Flavobacterium psychrophilum, Clostridioides difficile, MRSA). Z virových původců je předmětem výzkumu virus Maedi Visna, virus Infekční anemie koní a prasečí Cirkovirus II. Zde se cílem badatelské činnosti stává příprava rekombinantních proteinů nebo protilátek.
Cílem aplikovaného výzkumu jsou problémy související s původci infekcí prasat (prasečí cirkovirus II), které jsou příčinou zvýšených ztrát při odchovu selat. Dále se jedná o výzkum rekombinantních proteinů viru pro přípravu rekombinantních vakcíny koňského herpes viru. Tyto projekty jsou řešeny v rámci grantové agentury NAZV.
Menší projekty v oblasti aplikovaného výzkumu jsou řešeny v rámci interních grantových agentur VETUNI Brno (IGA, ITA).