Výzkum je zaměřen na problematiku genetických aspektů zdravotního stavu zvířat, s důrazem zejména na genetiku resistence k onemocněním. V současné době jsou nosným tématem mechanismy genetické resistence k infekčním onemocněním koní a dalších druhů s využitím genomických přístupů. Jedna část činnosti ústavu je zaměřena na problematiku prionových chorob - scrapie u ovcí.
